AIが解く世界の難問 · 医学・創薬 · arXiv · 2026-10-26
タンパク質ポケット間で何が転用できるか：構造ベース創薬エージェントにおける経験の再利用
原題: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
LLMエージェントは、タンパク質ポケット内でリガンドを段階的に編集し、編集のたびにドッキングして最適化を行う。その探索で得た経験を新しいポケットに引き継げるかが問題となる。CrossDocked2020のテストセットに対する1回の実行ログを分析した結果、改善する編集と悪化する編集の分離は主に分子サイズの変化、行動、ラウンドで説明され、標的そのものでは説明されなかった。未知のポケットに転用できる信号は主に編集と生成分子の記述であるため、この経験ベースは何を作るかを指示するより、エージェント自身が提案したドッキング候補の優先順位付けに有用だと示唆される。