AI与世界难题 · 医学与药物研发 · arXiv · 2026-10-26
蛋白质口袋间可迁移的是什么？面向智能体式基于结构的药物设计的分子优化经验复用
原标题: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
LLM 智能体通过逐步编辑并对每次编辑进行对接,来优化蛋白口袋中的配体,它们所运行的探测结果可以保存在共享的经验库中。作者分析了某次运行在 CrossDocked2020 测试集口袋上的完整日志,发现改善性编辑与恶化性编辑的区分,在很大程度上可由编辑改变分子大小的程度、所执行的操作以及轮次来解释,而非由靶点解释,不过指明靶点后的区分度要高出数倍。对于未见过的口袋,可迁移的信号主要描述的是编辑本身及所得分子,这表明该经验库更适合用于对智能体自身的对接方案排序,而不是用于指示应构建什么。