AI 與世界的難題 · 醫學與藥物探索 · arXiv · 2026-10-26
蛋白質口袋之間有哪些可遷移的知識?基於代理人的結構導向藥物設計中分子最佳化的經驗重用
原標題: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
LLM 代理透過逐步編輯並對每次編輯進行分子對接，來最佳化蛋白質口袋中的配體，而它們所執行的探測結果可存放於共用的經驗庫中。作者分析了一次執行在 CrossDocked2020 測試集口袋上的完整記錄，發現區分改善與惡化編輯的差異，主要可由編輯造成的分子大小變化、所採取的動作以及回合來解釋，而非標靶本身；不過，若指明標靶，區分效果會再提高數倍。對於未見過的口袋，可遷移的訊號主要描述的是編輯與所產生的分子，顯示該經驗庫更適合用來為代理自身的對接提案排定優先順序，而不是用來指定應該建構什麼。