ИИ и сложнейшие проблемы мира · Медицина и разработка лекарств · arXiv · 2026-10-26
Что переносится между белковыми карманами? Повторное использование опыта при оптимизации молекул для агентного структурного дизайна лекарств
Оригинальное название: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
LLM-агенты оптимизируют лиганды в белковых карманах, пошагово внося правки и выполняя докинг каждой из них, а проведённые ими пробы можно сохранять в общей базе опыта. Авторы проанализировали полный лог одного запуска на карманах тестовой выборки CrossDocked2020 и обнаружили, что разделение улучшающих и ухудшающих правок в основном объяснялось тем, насколько правка изменила размер молекулы, типом действия и раундом, а не мишенью, хотя указание мишени разделяло их в несколько раз резче. Для не встречавшихся ранее карманов переносимые сигналы в основном описывали саму правку и получившуюся молекулу, что говорит о том, что база полезнее для приоритизации собственных докинг-предложений агента, чем для предписания того, что следует создавать.