AI dan Masalah-Masalah Sulit Dunia · Kedokteran & penemuan obat · arXiv · 2026-10-26
Apa yang Dapat Ditransfer Antar Kantong Protein? Penggunaan Ulang Pengalaman dalam Optimasi Molekul untuk Desain Obat Berbasis Struktur Agentik
Judul asli: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
Agen LLM mengoptimalkan ligan dalam kantong protein dengan menyunting selangkah demi selangkah dan melakukan docking pada setiap suntingan, dan probe yang mereka jalankan dapat disimpan dalam basis pengalaman bersama. Para penulis menganalisis log lengkap satu proses atas kantong pada set uji CrossDocked2020 dan menemukan bahwa pemisahan antara suntingan yang memperbaiki dan yang memperburuk sebagian besar dijelaskan oleh seberapa besar suntingan mengubah ukuran molekul, jenis aksi, dan putaran, bukan targetnya, meskipun menyebutkan target memisahkannya beberapa kali lebih tajam. Untuk kantong yang belum pernah dilihat, sinyal yang dapat ditransfer terutama menggambarkan suntingan dan molekul yang dihasilkan, sehingga basis tersebut lebih berguna untuk memprioritaskan usulan docking milik agen itu sendiri daripada untuk menentukan apa yang harus dibangun.