La IA y los problemas difíciles del mundo · Medicina y descubrimiento de fármacos · arXiv · 2026-10-26
¿Qué se transfiere entre bolsillos de proteínas? Reutilización de experiencia en la optimización molecular para el diseño de fármacos basado en estructura con agentes
Título original: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
Los agentes LLM optimizan ligandos en bolsillos de proteínas editándolos paso a paso y acoplando (docking) cada edición, y las sondas que ejecutan podrían conservarse en una base de experiencia compartida. Los autores analizaron el registro completo de una ejecución sobre bolsillos del conjunto de prueba de CrossDocked2020 y encontraron que la separación entre ediciones que mejoran y que empeoran se explicaba en gran parte por cuánto cambiaba la edición el tamaño molecular, la acción y la ronda, no por la diana, aunque nombrar la diana las separaba varias veces con mayor nitidez. Para bolsillos no vistos, las señales transferibles describían principalmente la edición y la molécula resultante, lo que sugiere que la base es más útil para priorizar las propuestas de docking del propio agente que para prescribir qué construir.