KI und die schwierigen Probleme der Welt · Medizin & Wirkstoffforschung · arXiv · 2026-10-26
Was lässt sich über Proteintaschen hinweg übertragen? Wiederverwendung von Erfahrung bei der molekularen Optimierung für agentisches strukturbasiertes Wirkstoffdesign
Originaltitel: What Transfers Across Protein Pockets? Experience Reuse in Molecular Optimization for Agentic Structure-Based Drug Design
LLM-Agenten optimieren Liganden in Proteintaschen, indem sie sie schrittweise bearbeiten und jede Änderung per Docking bewerten; die dabei durchgeführten Sondierungen könnten in einer gemeinsamen Erfahrungsbasis gespeichert werden. Die Autoren analysierten das vollständige Protokoll eines Laufs über Taschen des CrossDocked2020-Testsets und stellten fest, dass die Trennung verbessernder von verschlechternden Änderungen weitgehend dadurch erklärt wurde, wie stark eine Änderung die Molekülgröße veränderte, sowie durch die Aktion und die Runde, nicht durch das Target, wobei die Nennung des Targets die beiden mehrfach deutlich schärfer trennte. Bei unbekannten Taschen beschrieben die übertragbaren Signale vor allem die Änderung und das resultierende Molekül, was darauf hindeutet, dass die Basis eher nützlich ist, um die eigenen Docking-Vorschläge des Agenten zu priorisieren, als um vorzugeben, was zu bauen ist.