AI与世界难题 · 生命科学 · arXiv · 2026-10-20
HyperTaxa：用于广义微生物分类推断的多尺度基因组表示
原标题: HyperTaxa: Multiscale Genome Representations for Generalized Microbial Taxonomic Inference
当许多新测序的生物缺乏参考覆盖时，微生物分类推断十分困难，而比对或数据库工具无法推断训练中未出现的物种。作者提出了HyperTaxa，它将完整基因组编码为多尺度k-mer转移场，并将其与源自分类学的空间对齐，从而实现零样本和开放集预测。在基准评测和物种互不相交的评测中，它均优于伪图像和Transformer图基线，在较高分类阶元上提升最大。