AI na Matatizo Magumu ya Ulimwengu · Sayansi za maisha · arXiv · 2026-10-22
Autoencoder inashinda transformer mbili katika kutabiri udhihirishaji wa jeni kutoka kwa ufikiaji wa chromatin
Kichwa asilia: An autoencoder outperforms two transformers on prediction of gene expression from chromatin accessibility
Mifano inayotabiri wingi wa RNA kutoka kwa ufikiaji wa chromatin mara chache hulinganishwa chini ya vipengele, malengo na vipimo vileile, hivyo waandishi walijenga kigezo cha kulinganisha kikitumia wasifu 126,604 wa single-nucleus waliounganishwa kutoka kwenye masomo 19 ya binadamu yenye msamiati wa pamoja wa peaks 50,000 na jeni 3,185, na kulinganisha pipelines saba. Pipeline ya scButterfly-B, iliyojengwa juu ya variational autoencoders mbili zinazoungana, ilishinda kila pipeline ya transformer — ikiwemo modeli ya Perceiver ya autoregressive iitwayo Omic Translator na toleo la Cisformer lililoundwa upya bila support — kwa ushiriano wa Spearman wa jeni moja-moja na wa ndani ya seli katika milinganisho yote sitini ya fold zilizounganishwa, huku mafunzo yake yakifupi kwa mara 3.8. Transformers zinabaki ndani ya tofauti ya 0.02-0.04 katika umbo la wasifu ndani ya seli lakini zinanyoosha nyuma kwa 0.10-0.24 katika ushiriano wa jeni moja-moja, na ablations zilizopangwa mapema zinaonyesha encoder ya Perceiver ilichangia +0.0439 katika ushiriano wa jeni moja-moja ndani ya donor mmoja zaidi ya self-attention kamili.