ИИ и сложнейшие проблемы мира · Науки о жизни · arXiv · 2026-10-20
HyperTaxa: мультимасштабные представления геномов для обобщённого таксономического вывода о микроорганизмах
Оригинальное название: HyperTaxa: Multiscale Genome Representations for Generalized Microbial Taxonomic Inference
Таксономический вывод о микроорганизмах затруднён, когда у многих вновь секвенированных организмов нет референсного покрытия, а инструменты на основе выравнивания или баз данных не могут определять виды, отсутствовавшие в обучении. Авторы предлагают HyperTaxa, который кодирует целые геномы как мультимасштабные поля переходов k-меров и сопоставляет их с пространством, выведенным из таксономии, что позволяет делать предсказания в режимах zero-shot и open-set. Он превзошёл базовые модели на основе псевдоизображений и графов-трансформеров в тестах на эталонных наборах и на непересекающихся видах, причём наибольший выигрыш получен на более высоких таксономических рангах.