L'IA face aux grands problèmes du monde · Sciences du vivant · arXiv · 2026-10-20
HyperTaxa : représentations génomiques multi-échelles pour l'inférence taxonomique microbienne généralisée
Titre original: HyperTaxa: Multiscale Genome Representations for Generalized Microbial Taxonomic Inference
L'inférence taxonomique microbienne est difficile lorsque de nombreux organismes nouvellement séquencés n'ont pas de couverture de référence, et les outils d'alignement ou de bases de données ne peuvent pas inférer les espèces absentes de l'entraînement. Les auteurs proposent HyperTaxa, qui encode des génomes entiers sous forme de champs de transition de k-mers multi-échelles et les aligne sur un espace dérivé de la taxonomie, permettant une prédiction « zero-shot » et en ensemble ouvert. Il a surpassé les références fondées sur des pseudo-images et sur des graphes de transformeurs lors d'évaluations sur des benchmarks et sur des espèces disjointes, avec les gains les plus importants aux rangs taxonomiques supérieurs.